| 種名（亜種名） | 学名 | 多摩地域 | その他の地域 |
| トガリネズミ科 Soricdae | |||
| ジネズミ | Crocidura dsinezumi | ||
| モグラ科 | |||
| ホンシュウヒミズ | Urotrichus talpoides hondonis | ||
| モグラ | Mogera wogura | ||
| ヒナコウモリ科 Vespertilionidae | |||
| ヤマコウモリ | Nyctalus Lasiopterus | ||
| オナガザル科 Cercopithecidac | |||
| ニホンザル | Macaca fuscata | 1例登録 | |
| ウサギ科 Leporidae | |||
| キュウシュウノウサギ | Lepus brachyurus brachyurus | ||
| リス科 Sciuridae | |||
| ニホンリス | Sciurus lis | ||
| ムササビ | Petaurista leucogenys | 2例登録 | |
| ネズミ科 Muridae | |||
| ホンドアカネズミ | Apodemus speciosus speciosus | 1例登録 | |
| ホンシュウカヤネズミ | Micromys minutus hondonis | 2例登録 | |
| ホンドハツカネズミ | Mus musculus molossinus | ||
| ニホンクマネズミ | Rattus rattus tanezumi | ||
| イヌ科 Canidae | |||
| ホンドタヌキ | Nyctereutes procyonoides viverrinus | 1例登録 | |
| クマ科 Ursidae | |||
| ツキノワグマ | Selenarctos thibetanus | 1例登録 | |
| イタチ科 mustelidae | |||
| ホンドテン | Martes melampus melampus | ||
| ニホンイタチ | Mustela sibirica itatsi | ||
| ニホンアナグマ | Meles meles anakuma | 1例登録 | |
| ジャコウネコ科 Viverridae | |||
| ハクビシン | Paguma larvata | 2例登録 | |
| イノシシ科 Suidae | |||
| ニホンイノシシ | Sus scrofa leucomystax | ||
| シカ科 Cervidae | |||
| ニホンジカ | Cervus nippon | 1例登録 | |
| ウシ科 Bovidae | |||
| ニホンカモシカ | Capricornis crispus | ５例登録 | |
| 逸出種等 | |||
| ノイヌ | |||